目前嘉绒佛学院采取高低年级的分班。教学方式是以大师兄制来进行，一个课程可以分成三个教学过程。首先由大堪布在第一堂课讲解，接着小堪布在下一堂复习，之后，再由助理堪布于课余时间解答问题。目前主要的堪布有阿根堪布、泽登堪布、希拉堪布、旺钦堪布、仁真堪布等。

在印度、尼泊尔的藏传佛教教育制度偏向西式教育，所以有明显的班级之分。而藏区传统的教育方式，只有低年级的班级是独立上课，高年级的课程则是全校的学生一起上。即使你是第一天来到学院，高年级的课你还是得去上。

原因是什么呢？就是要让学生一开始就养成习惯，对于深奥的部分，即使你不懂，也得去听闻，因为至少可以和所听到的经典结下法缘。

另外，佛学院也计划开医疗和艺术的选修课程，这不是必修课，但只要有兴趣的喇嘛，都可以学习。虽然目前还没有医疗和艺术的师资，但已经有适当的人才在外地学习。目前在藏医学院学习的喇嘛已经快毕业，等他学成回来，就可以独立地开课教学，而艺术课程也是如此办理。还有语言课程，主要是中文和英文课程，也会在未来规划到学习内容。

目前，学生每个月放假一天，可以离开佛学院下山；每年过年的时候，有一个月的假期，可以回家过年；有人往生时，会帮亡者超渡三天。其它时间，都是在上课学习。