“三根本”是指“上师、本尊、空行”。

　　“根本”是指我们的心和他们要永远相依相存的意思。“上师”是加持的来源。“本尊”是已证得究竟实相的佛，无论寂静尊或愤怒尊，对每个众生都一视同仁的利益。在我们修行时，选择一尊，或选择几尊，以这尊佛的法，做为永远不间断修行的法门。每天必须想到、必须修的那尊佛，就是自己的本尊。

　　“空行”是密法的称呼，是指所有修行有成就的男、女相菩萨。有人把“空行”解释为一定是女的，“勇者”一定是男的，这是翻译上的错误。其实藏文里面就有“巴沃”、“康卓”、“巴莫”、“康卓玛”的名称，可以译为空行父、空行母；勇父、勇母。

　　这些菩萨是在我们修行过程中，随时随刻保护着我们的同伴。例如，当我们修行的智慧不够时，要依赖文殊菩萨，而遭逢困厄时，要依赖救苦救难的观音菩萨。虽然我们看不见，但是他们时时刻刻在身边陪伴并帮助我们，让我们的善心、信心越来越增长，虔诚永不退转。

　　简单地说，“上师”是从舍取究竟的诸佛本质中所显现，是一切加持的根本；“本尊”是从法身寂静的本性中所显现，是成就的根本；“空行”是从无生的法性虚空中所显现，是消除障碍的根本。因为他们是我们要依赖得以成就的根本，所以称为三根本。